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Los Guayabos Comunidad Ecológica se ubica al noroeste de la cabecera municipal de Zapopan, a 1,600 metros sobre el nivel del mar. Forma parte de la sub cuenca del Río Blanco, que a su vez se integra a la cuenca del Río Santiago (cuenca Lerma-Chapala-Santiago), considerada entre las tres más importantes del país (Plano 1).

El terreno en Los Guayabos es fundamentalmente plano, con un pequeño barranco que atraviesa la propiedad, por el cual corre el arroyo Los Guayabos (de aguas de temporal) que se une al final de su recorrido con el Río Blanco (hoy en día altamente contaminado).

La vegetación predominante es bosque de encino-pino, combinado con vegetación riparia. La vegetación natural incrementa la captación de agua de lluvia, protege el suelo y genera un espacio importante para animales de diverso tipo, que lo utilizan tanto para conseguir alimento como para refugiarse y criar a su descendencia.

Existe una interesante variedad de fauna, destacando la presencia de aves, además de encontrarse mamíferos, reptiles y una gran diversidad de insectos y arácnidos. Esto indica el valor de Los Guayabos como refugio para estos animales, dado el acelerado proceso de degradación de las zonas circundantes.